本校化學系與財團法人水木化學文教基金會為提高學生研讀化學的興趣，協助推廣高中化學教育，發掘傑出化學人才，並期望在指導老師的引導下，充分發揮科學創意，共同舉辦「2009年第六屆全國高級中學化學科能力競賽」。今年活動備受矚目，有來自全省99所高中職，多達3,000名高中生參加，並獲得台塑關係企業、永光化學、長興化工及中石化等知名企業贊助。

競賽方式共分二階段，第一階段之初試為筆試，著重於個人榮譽，只要個人成績達「高標」的前50%，就可獲得金、銀、銅或成績優良獎榮譽；而第二階段決賽為團隊實驗競賽，著重團隊合作、發揮巧思與創意及協力完成實驗的精神，前六組獲勝團隊，可獲得特殊設計的榮譽獎牌及獎金。10/24舉行的第一階段初試(筆試)結果，高標為61.8分，分數達高標之前30%同學，可獲頒銅牌(含)以上獎項；達前50%同學，可獲頒成績優良獎。初賽個人成績金牌獎由33位同學獲得，其中建國中學黃挺剛、台南一中黃冠閔、台中一中邱俊瑋等三位同學分數高達106.5分，並列第一；銀牌獎由台南一中陳錫安等60位同學獲獎；銅牌獎則由台南一中謝正彥等88位同學獲得。

實驗決賽團體部分，由全國(750組)筆試總成績達前十二名之組別參加決賽，其成員分別來自高雄中學、台中一中、高雄女中、科學園區實驗高中、台南一中、建國中學、花蓮高中、竹林高中等八所學校，並於11月7日在清華大學化學館舉行實驗決賽。決賽金牌獎由校際組隊--花蓮高中程凱煜、建國中學黃挺剛、台中一中邱子源、竹林高中張可耕等四位同學獲得，並頒發獎金四萬元；銀牌獎二組，每組獎金二萬四仟元整，兩組均為高雄中學，分別由林鋙承、胡耕寧等八名同學獲得；銅牌獎三組，每組獎金為一萬六千元整，其中兩組分別由台南一中胡恭翊、何偉等八位同學，另一組由科學園區實驗高中李奐儒等四位同學獲得。

本年度頒獎典禮，特別邀請到贊助廠商永光化學周德綱副總、中石化王克舜副總、長興化工黃舜仁副總及清華大學唐傳義教務長、理學院古煥球院長為同學頒獎。此外，水木化學基金會理事長呂正理更當場宣布：「決賽獲金、銀、銅牌獎之同學若明年選擇就讀清大化學系，將可獲得學雜費全免之補助(詳細辦法將另行公布)；而金牌獎同學還可以免費參加明年暑期的吳健雄科學營」。