民國十七年曹校長辭職獲准。嚴鶴齡再度被任命為代理校長，於一月十四日到職，四月請辭。外交部派溫應星繼任校長，僅二月，因北伐成功，北京政府消滅，溫亦離職。八月，國民政府改「清華學校」為「國立清華大學」，任命孫科為校長，孫不就，改任羅家倫為校長。羅校長於九月十八日就職，對校內組織，多所改易。當國民政府統一北方時，原屬外交部之清華董事會因之消滅，而清華之隸屬問題又起，大學院欲收歸轄下，但外交部則藉口外交關係不肯放手，終由二機關會轄，另由二單位合組一董事會治理。董事會之存在一直為人所詬病，主要是因為清華之整體發展常因董事會之權限過大而處處受阻。所以民國十八年四月三十日，國民政府行政院議決，將清華基金經整理後，改由「中華教育文化基金董事會」管理。「清華校務及游美學務基金保管委員會」在南京開會通過上項議決案。民國十九年五月，清華學生對羅校長有不滿表示，羅亦以學風為理由而辭職。羅氏離校後，清華校長虛懸達十一月之久，其間校務由校務會議維持。另一方面，董事會問題因羅校長的努力，終使大學院及外交部合派之董事會撤銷，清華遂直隸於教育部。

之後，於民國二十年三月十七日國民政府任命吳南軒為校長，四月十六日就職。又因與師生不合，而於六月二十五日離開北平。教育部在清華師生的壓力下，委派翁文灝教授代理校務。翁文灝於七月起開始代理校務，但於九月中旬即辭去代理兼職，教授會與學生會開會挽留無效。最後，由於范源濂的極力推薦，中央決定派梅貽琦為校長。梅貽琦校長終能獲得清華師生的充分支持，一直續任至一九四八年底才離開。一九五五年在新竹復校後，又繼任校長，直到一九六二年五月病逝為止，前後共三十一年之久。

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