在教學條件上，遠較戰前清華為差。由於戰事影響，大部分儀器設備未能遷出，淪於敵手，遷出的部分貴重圖書亦在北碚毀於日機之轟炸。此一時期，不僅儀器設備差，圖書亦十分缺乏，學生閱讀的指定參考書或者沒有，或者只有很少幾本，學生要上圖書館排長隊擠借，形成“搶”風，館門屢次被擠破。因搶借參考書或過期不還而被記過的學生，占聯大受校紀處分的學生的大多數。這種現象在教育史上應是難得一見的吧！而清華研究院方面，在抗戰爆發後曾一度停辦。二十八年度開始恢復文科研究所。二十九年起，先後恢復法科研究所與理科研究所。除了文、法、理科研究所外，清華尚有特種研究所。特種研究所是清華利用庚款基金利息單獨舉辦的，包括農業、航空、無線電、金屬、國情普查五個研究所。農業研究所成立於民國二十三年，航空研究所於二十五年設於南昌。無線電、金屬研究所則於二十六年籌辦於長沙。抗戰後，農業、航空、無線電研究所也先後輾轉遷滇，並在昆明正式成立金屬研究所，又與社會部合作，成立國情普查研究所。除了航空研究所設於白龍潭外，其它四個研究所均設在大普吉。二十八年，政府宣布庚款暫行停付，清華之特種研究所仍設法在昆明繼續維持。三十二年五月，廢除不平等條約，庚子賠款止付，自此清華經費改由國庫撥給。特種研究所亦仍在昆明繼續工作。隨著抗戰勝利，清華復員北上，五個研究所相繼結束了它們的工作，其設備、人力等均分別併入有關各系。

民國三十四年八月，日本無條件投降，西南聯大暫時仍在昆明繼續課業。三校復員工作開始籌備。十一月，梅校長飛返北平，接收清華園校舍。日軍佔領下之清華園，因以校舍供作軍營，八年蹂躪，面目全非，需大事修繕得以復校。翌年，五月四日西南聯大結束，特在昆明立碑以紀念三校在抗戰八年中的艱苦合作。而聯大師範學院則改為國立昆明師範學院。三校分別復員，清華園修葺整理，頗費周章，於十月十日才恢復上課。

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