三十七年冬，清華還在上課，共軍突由南口進至北平西郊，與國軍戰於學校牆外。不久國軍退守城內，處在郊外的清華園，於是淪入共軍的勢力範圍。梅校長適於前一日因公入城，當時城郊交通斷絕，校長只可留在城內，校政暫由校務委員會主持。政府眼見局勢日非，於是派遣專機迎接梅校長去南京。次年，梅校長先赴歐，後往美紐約與中華教育文化基金董事會會商清華基金保管及運用事宜。自民國四十年開始以清華基金利息協助在美學人研究，並以學術書刊儀器贈送台灣專科以上學校。

民國四十四年「中美合作研究原子能和平用途協定」正式簽字，政府決定設立原子科學研究機構，發展原子科學之研究，乃電召梅貽琦校長返國籌議。並於同年十二月，由行政院組設清華大學研究院籌備委員會，以教育部長張其昀，清華大學校長梅貽琦，國防、外交、財政、經濟四部代表，暨蔣夢麟、浦薛鳳、錢昌祚，陳雪屏、錢思亮、金開英、洪紳諸先生為委員。
決定：（一）校址設於新竹赤土崎。
　　　（二）先設原子科學研究所，招收研究生。
　　　（三）開辦費及建築費請政府核發，圖書儀器費由清華基金支付。

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