九十七年二月，本校獲教育部補助「邁向頂尖大學計畫」後三年每年新台幣12億元；成立產業研發碩士半導體元件及製程專班。八月，理學院學士班更名為理學院學士學位學程、科技管理學院學士班更名為科技管理學院學士學位學程、工學院院招生更名為工學院學士班、人文社會學院院招生更名為人文社會學院學士班；成立系統神經科學研究所碩士班、服務科學研究所碩士班、先進光源科技碩士學位學程、生命科學院學士學位學程、電機資訊學院學士班；增設核子工程與科學研究所博士班；國際事務處成立，下設國際合作組、國際學生組、綜合事務組；秘書處下的國際事務中心併入國際事務處。九十八年八月，增設天文研究所博士班、原子科學院學士學位學程。現本校設有七個學院，十七個學系、四個學士學位學程、三個院招生學士班、二十三個獨立研究所、一個碩士學位學程、一個博士學位學程、三個產業碩士專班及四個在職專班。

清華大學還有一項值得講述的特色，是民國五十八年與國立交通大學聯合舉辦的「梅竹錦標對抗賽」（包括球類比賽、接力、拔河、棋橋、中英文演講及辯論等項目）。梅竹錦標賽，係分別紀念清華與交大有卓越貢獻之清華前校長梅貽琦先生與交大前校長凌竹銘先生，『梅』代表清華大學，『竹』代表交通大學，以梅竹冰清高潔，並立於歲暮嚴寒，代表兩校友誼永固及合作無間，克服困難之精神。多年來，梅竹賽已經形成清、交的校園文化傳統，清大、交大學生及畢業校友們，亦皆以參與為榮。

綜觀清華歷史，新竹清華所呈現的氣象，實與之前的清華南轅北轍。例如北京清華的校長風波，教授會與學生會的力量頗具決定性，當然這是與五四運動以來的學風有關；新竹清華就鮮少有類似情形，校長的人選一直是教育部委派，直至近年才有校長遴選的活動，而學生對校長人選問題向來是無權過問，可見新竹清華學風之異於前。事實上，新竹清華幾十年來即已形成了迥異於前的校園文化傳統。

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