民79年	8月，增設資訊工程學系及語言學研究所博士班。
民80年	8月，增設生物醫學研究所碩士班及生命科學系。
民81年	5月，共同學科改為通識教育中心。7月，增設生命科學院，同時將生命科學系、生命科學研究所、生物醫學研究所改隸於生命科學院。8月，增設原子科學系。
民82年	2月，阿岡諾反應器除役工程開始，全程約費時二個月。2月27日，劉兆玄校長調任交通部長，校務由教務長李家同先生暫行代理。12月，化工新館落成。
民83年	1月28日，新任校長沈君山先生就任為首任經由遴選產生之校長。8月，增設工程管理研究所碩士班、哲學研究所碩士班、文學研究所博士班。
民84年	8月，設立教育學程，又配合新大學法調整所系架構，將研究所併入性質相近學系。
民85年	成立電子工程研究所碩士班、博士班，歷史研究所博士班，及社會人類學研究所人類學組博士班。
民86年	8月，成立生物技術研究所（碩士班）。
民87年	2月，新任校長劉炯朗上任。同時成立電機資訊學院，設有資訊工程學系、電機工程學系、電子工程研究所。輻射生物研究所併入生命科學系，社會人類研究所分設為社會研究所碩士班與人類學研究所碩士班、博士班。工業工程學系改名為工業工程與工程管理學系。
民88年	8月，成立通訊工程研究所碩士班、博士班。
民89年	8月，成立科技管理學院，設有科技管理研究所、科技法律研究所、計量財務金融學系。
民90年	1月4日，台達電子工業公司董事鄭崇華先生捐贈台達公司股票一百萬股，在本校設立「孫運璿科技講座」。4月22日，創校90週年暨在台建校45週年校慶，北京清華王大中校長、諾貝爾物理獎楊振寧校友等來校慶祝。29日，劉炯朗校長率團赴北京清華參加校慶活動。8月，成立天文研究所碩士班、資訊系統與應用研究所碩士班。11月，獲教育部補助「大學學術追求卓越發展計畫第二梯次」，經費四億六仟萬元。12月10日，旺宏電子公司捐贈3億元協助本校興建學習資源中心。
民91年	2月，新任校長徐遐生上任。7月，物理系朱國瑞教授獲選為中央研究院院士。8月，成立微機電系統工程研究所碩、博士班、台灣文學研究所碩士班，人文社會學士學位學程，生命科學院調整為生命科學系、分子與細胞生物研究所碩、博士班、分子醫學研究所碩、博士班、生物資訊與結構生物研究所碩、博士班、生物科技研究所碩、博士班。9月，本校獲教育部評選為國內七所重點研究型大學之一，獲得三億多元重點補助。
民92年	創設還願獎學金。8月，資訊工程學系學士班新增第3班、物理系學士班增設光電物理組、成立光電工程研究所碩、博士班及工業工程與工程管理碩士在職專班。
民93年	1月，與新竹縣政府簽署協議書共同推動設立第二校區。8月，成立經濟學系博士班及社會學研究所博士班。