民94年	本校獲教育部補助「邁向頂尖大學計畫」前兩年每年新台幣10億元；1月，成立校園規劃室。2月，電機資訊學院產業研發碩士積體電路設計專班成立。 8月，宜蘭園區籌備處成立；增設資訊系統與應用研究所博士班、科技管理研究所博士班、工學院產業研發碩士光電科技專班；經濟學系由人文社會學院改至科技管理學院。
民95年	2月，新任校長陳文村上任。6月，材料科學中心與奈米微系統中心合併為奈微與材料科技中心，校務會議通過「國立清華大學教師學術卓越獎勵辦法」及「國立清華大學講座及特聘教授設置辦法」。7月，歷史所黃一農教授、材料系陳力俊教授獲選為中央研究院院士。8月，原子科學系更名為生醫工程與環境科學系，成立台灣研究教師在職進修碩士學位班、理學院學士班、科技管理學院學士班；修正組織規程，秘書室調整為秘書處，下設綜合業務組、議事及法規組、公共事務組、國際事務中心與校友服務中心。10月，召開第一次校務發展諮詢委員會議。
民96年	1月，邁向頂尖大學計畫第一次實地考評。3月，辦理第一屆「傑出產學合作獎」選拔。5月，宜蘭園區22公頃，納入清華校地；聘請諾貝爾獎得主楊振寧為清華榮譽特聘講座。7月，成立「國立清華大學生物醫學研發中心」及「大學部教育改進工作小組」。8月，成立「國立清華大學人文社會研究中心」；微機電系統工程研究所更名為奈米工程與微系統研究所，成立核子工程與科學研究所碩士班、國際專業管理碩士班、工學院院招生、人文社會學院院招生；增設計量財務金融學系碩士班、科技管理研究所碩士在職專班。
民97年	2月，正式成立「清華學院」；本校獲教育部補助「邁向頂尖大學計畫」後三年每年新台幣12億元；成立產業研發碩士半導體元件及製程專班。4月18日，科技管理學院──台積館啟用典禮。6月，首度實施「專任教師評量」（96學年度通過本校「專任教師評量辦法」）。8月，理學院學士班更名為理學院學士學位學程、科技管理學院學士班更名為科技管理學院學士學位學程、工學院院招生更名為工學院學士班、人文社會學院院招生更名為人文社會學院學士班；成立系統神經科學研究所碩士班、服務科學研究所碩士班、先進光源科技碩士學位學程、生命科學院學士學位學程、電機資訊學院學士班；增設核子工程與科學研究所博士班；國際事務處成立，下設國際合作組、國際學生組、綜合事務組；秘書處下的國際事務中心併入國際事務處；30日，學儒齋正式啟用。10月31日，教學大樓──台達館動土典禮。12月18日，學習資源中心──旺宏館動土典禮。
民98年	3月，辦理第一屆「傑出導師獎」選拔。6月，教育部同意「竹東校區」籌設。7月，完成中長程校務發展五年計畫。8月，增設天文研究所博士班、原子科學院學士學位學程。
民99年	1月，奕亭落成；南校門落成。2月，新任校長陳力俊上任。5月17日，李偉德校友捐款新台幣一億五仟萬元協助本校建立綠色低碳能源教學大樓。7月，物理系張石麟教授獲選為中央研究院院士。8月3日，東和鋼鐵股份有限公司董事長、本校名譽博士侯貞雄先生慷慨捐贈新台幣兩億元，設立「侯金堆講座」，作為延攬及留任一流人才，提升教育與研究品質，朝卓越頂尖大學邁進之經費。
民100年	「清華百歲慶，五五百大進」，為慶祝創校一百週年暨在台建校55周年，展開為期一年的各式慶祝活動。兩岸清華大學亦互派副校長帶團參加百歲校慶活動，並洽談兩岸清華合作事宜。校慶大會上，馬英九總統及政、商、學界各界代表，以及歷屆校友齊聚校園，祝賀清華百歲校慶。 4月，為呈現清華大學百年發展的歷史軌跡，本校集結校內外人士力量，出版「校慶系列叢書」：《話說清華》、《圖像清華》、《人物清華》、《人培清華》、《百歲清華》、《相約清華》、《原子能與清華》、《師鐸清華》、《梅竹清華》、《通識清華》、《創業清華》、《溫馨清華》、《遊藝清華》、《綠能清華》、《藝於言表》，建置「水木清華網」—清華校史線上多媒體知識系統，並發行「國立清華大學建校百年紀念」郵票，提供多元的平台與角度來認識清華。 4月，本校獲教育部「邁向頂尖大學計畫」審議通過，獲得每年12億元補助，本計畫自100年4月開始執行，為期5年。 4月24日，舉行「校友體育館」動土典禮。此為多功能體育館，由學校發起「百人會」向校友募款興建，募款總金額達新台幣1億6仟3佰萬元。 4月24日，學習資源中心─旺宏館落成典禮。 6月7日，99學年度第4次校務會議通過，以梅花為新竹清華校花。 9月，首度招收大陸地區學生來臺修讀學位，共錄取17名碩士生、1名博士生。並獲鴻海、威剛科技捐助獎學金。