2006年第五屆海峽兩岸研究生交流互訪活動於8月4日圓滿結束。此活動緣起於2001年，當年為慶祝新竹清華來台復校45周年慶，邀請了北京清華校長及多位研究生代表來台共襄盛舉。與會的兩校校長有感於兩校交流日益頻繁，但多侷限於大學生，因而決定擬辦研究生層級之交流，今日海峽兩岸研究生交流互訪活動於焉成型。

此活動由北京清華與新竹清華大學各選出十名研究生代表及兩位師長代表進行互訪，由研究生全程籌畫、安排，活動內容不僅限於學術方面的講座與實驗室參觀，也包括校園外的參訪如新竹科學工業園區、故宮博物院。除此之外新竹清華的研究生們還設計了風土民情景點的旅遊，不論是歷史痕跡紅毛城、高科技的台北101快速觀景電梯、台灣的熱帶風情墾丁之旅，都帶給北京清華學生深刻的印象。而對岸的研究生也精心策畫每一次兩岸研究生交流互訪活動的行程，在彼此的介紹下，達到多元交流的目的。

這樣的學術活動，不但讓兩岸清華的師長及同學能更加深入了解彼此的學術現況及歷史淵源，並且為長久深厚的友誼搭起了一座連接的橋樑，為兩岸清華更進一步的學術合作及研討開啟了一扇大門。