「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」第二梯次共有32所學校提出申請，包括第1梯次獲補助的12校及新申請的20所學校。本梯次審議基準兼顧不同學校屬性，分為量化指標及質化指標兩部分，並各占總分50%。量化指標評分項目包括研究(30％)、國際化(10％)、產學合作(10％)等三項；而質化指標則包括整體制度與組織運作、基礎設施、教學與輔導、重點領域或研究中心、人文社會發展策略、財務規劃與永續經營等六項。各校量化指標評分排序前5名，依序為台大、交大、清大、成大、政大；質化指標評分排序前5名，依序則為台大、清大、成大、交大、中央；本校在量化與質化指標評分總和排序第二。

依據上述評分結果，共有台大、成大、清大、交大、中央、中山、陽明、中興、台科大、長庚及政大等11校獲選為本梯次補助學校，補助方式係採「統塊式核給(block-funding)」。至於補助金額，則綜合考量各校95、96年度考評結果、學校計畫、簡報內容及未來發展潛力等，補助額度有所調整；本校因在十一所受補助的大學中，整體表現均衡且突出，尤其在95、96年度考評中，僅有本校與台大二所大學被評為「95及96年度考評結果均為優異，執行成效值得肯定」，因此獲得調高補助額度獎勵。

清華擁有優良傳統、各學院均衡發展、學術卓越、績優的產學合作基礎及高品質教學等優勢。未來，本校將在現有紮實的基礎下，實現獲得本計畫補助之承諾，包括支用一定比例經費發展人文社會領域、著手法人化等組織運作調整措施、積極募款並致力於產學合作等，以利永續發展。

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