99年全國大專校院運動會，本校再獲佳績，於156所參賽學校中以9面金牌成績排名第八。特別值得一提，清大是排名前十名學校中，少數未設有體育院系（科）的大學。這次成績再度說明，本校的學生除了學業表現卓越外，在運動上之表現一樣耀眼。本屆運動會本校的總排名雖與98年相同，但金牌數較去年增加一面。在整體的成績中，游泳男子代表隊表現最為優異，共計奪得5面金牌，含3項刷新大會成績，蟬聯一般男生組游泳總錦標!

今年全國大專校院運動會本校獲得的9面金牌分別是：游泳一般男子組100公尺蝶式(工工所王宏鍇，破大會紀錄)、游泳一般男子組200公尺蝶式(工工所王宏鍇)、游泳一般女子組100公尺蝶式(工科系王譽堯)、游泳4*100公尺自由式接力(破大會紀錄)、游泳4*200公尺自由式接力(破大會紀錄)、游泳4*100公尺混合式接力、田徑一般女子組100公尺跨欄(化學所周沛瑜)、桌球一般個人混合雙打賽(資工系黃詩雯、奈米所楊文呈)、桌球一般女子組團體賽，除此之外尚有4面銀牌及5面銅牌的傑出表現。

社會大眾長久以來對清華的認識，多為學術表現卓越與校園環境優美，但是清華建校以來，即已培育德、智、體、群、美五育兼備的學生為目標，所以校內師生運動風氣鼎盛，也認同惟有具備健康的體魄，才能進一步對社會國家有所貢獻的理念。清華的運動代表隊能連續2年在全國大專校院運動會都有亮眼的表現，與清華重視體育活動的氛圍有相當大的關係。此外，教練殷勤的指導、運動員本身努力不懈的刻苦訓練、強烈求勝的決心，以及校內師長的重視與鼎力支持，更是締造佳績的主因，也就是憑藉這些力量，才能創造出清華今日一流的競技水準。