理學院

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• 物理學系
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• 統計與數據科學研究所
• 天文研究所
• 理學院學士班
• 先進光源科技學位學程
• 計算與建模科學研究所
• 量子科技暨尖端材料博士學位學程

工學院

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• 化學工程學系
• 動力機械工程學系
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• 工業工程與工程管理學系
• 工業工程與工程管理學系碩士在職專班
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• 生物醫學工程研究所
• 工學院學士班
• 全球營運管理碩士雙聯學位學程
• 前瞻功能材料產業博士學位學程
• 太空工程研究所

原子科學院

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• 工程與系統科學系
• 生醫工程與環境科學系
• 核子工程與科學研究所
• 分析與環境科學研究所
• 原子科學院學士班
• 先進光源科技學位學程
• 環境科技博士學位學程(台灣聯合大學系統)

人文社會學院

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• 中國文學系
• 外國語文學系
• 歷史研究所
• 語言學研究所
• 人類學研究所
• 社會學研究所
• 哲學研究所
• 台灣文學研究所
• 台灣研究教師在職進修碩士學位班
• 人文社會學院學士班
• 亞際文化研究國際碩士學位學程(台灣聯合大學系統)
• 華文文學研究所
• 華語文碩士學位學程

生命科學暨醫學院

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• 生命科學系
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• 分子與細胞生物研究所
• 分子醫學研究所
• 生物資訊與結構生物研究所
• 生物科技研究所
• 系統神經科學研究所
• 生命科學暨醫學院學士班
• 跨領域神經科學博士學位學程(台灣聯合大學系統)
• 學士後醫學系
• 精準醫療博士學位學程
• 醫學資訊碩士學位學程

電機資訊學院

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• 資訊工程學系
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• 通訊工程研究所
• 電子工程研究所
• 資訊系統與應用研究所
• 光電工程研究所
• 資訊安全研究所
• 電機資訊學院學士班
• 光電博士學位學程(台灣聯合大學系統)

科技管理學院

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• 計量財務金融學系
• 經濟學系
• 科技管理研究所
• 經營管理碩士在職專班(MBA)
• 科技法律研究所
• 高階經營管理碩士在職專班(EMBA)
• 科技管理學院學士班
• 國際專業管理碩士班(IMBA)
• 服務科學研究所
• 財務金融碩士在職專班(MFB)
• 公共政策與管理碩士在職專班(MPM)
• 高階經營管理雙聯碩士在職專班(Dual EMBA)
• 健康政策與經營管理碩士在職專班(HBA)

竹師教育學院

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• 教育與學習科技學系
• 幼兒教育學系
• 特殊教育學系
• 教育心理與諮商學系
• 運動科學系
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• 臺灣語言研究與教學研究所
• 英語教學系
• 環境與文化資源學系
• 學前特殊教育碩士在職學位學程
• 竹師教育學院學士班
• 華德福教育碩士在職學位學程
• 竹師教育學院跨領域STEAM教育碩士在職專班
• 英語教育中心
• 心理與諮商碩士新加坡境外在職專班
• 竹師教育學院博士班

藝術學院

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• 音樂學系
• 藝術與設計學系
• 藝術學院學士班
• 科技藝術研究所

台北政經學院

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半導體研究學院

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清華學院

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• 清華學院學士班
• 清華學院國際學士班

教務處

• 教務處(院級)
• 跨院國際博士班學位學程
• 跨院國際碩士學位學程
• 智慧製造跨院高階主管碩士在職學位學程
• 智慧生醫博士學位學程
• 藥品與醫材法規科學碩士在職學位學程

合校過渡單位

• 合校停招系所聯合辦事處
• 應用科學系
• 應用數學系
• 中國語文學系
• 人力資源與數位學習科技研究所