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• 2.1 校長室
  • 2.1.1 校長
  • 2.1.2 資深副校長
  • 2.1.3 執行副校長
  • 2.1.4 副校長兼任台灣聯合大學系統副校長
  • 2.1.5 專案助理副校長

• 2.2 秘書處
  • 2.2.1 綜合業務組
  • 2.2.2 議事及法規組
  • 2.2.3 公共事務組
  • 2.2.4 校友服務中心
  • 2.2.5 南大校區校友服務中心
  • 2.2.6 財務規劃室
  • 2.2.7 性別平等教育委員會
  • 2.2.8 校務研究中心

• 2.3 教務處
  • 2.3.1 綜合教務組
  • 2.3.2 註冊組
  • 2.3.3 課務組
  • 2.3.4 招生策略中心
  • 2.3.5 教學發展中心
  • 2.3.6 華語中心
  • 2.3.7 推廣教育中心
  • 2.3.8 金門教育中心
  • 2.3.9 出版社
  • 2.3.10 跨領域科學教育中心
  • 2.3.11 認知與心智科學中心
  • 2.3.12 印度中心
  • 2.3.13 原住民族科學發展中心
  • 2.3.14 進修推廣學院

• 2.4 學務處
  • 2.4.1 職涯發展組
  • 2.4.2 生活輔導組
  • 2.4.3 課外活動組
  • 2.4.4 衛生保健組
  • 2.4.5 學生住宿組
  • 2.4.6 諮商中心
  • 2.4.7 體育室
  • 2.4.8 原住民族學生資源中心

• 2.5 總務處
  • 2.5.1 文書組
  • 2.5.2 事務組
  • 2.5.3 出納組
  • 2.5.4 保管組
  • 2.5.5 營繕組
  • 2.5.6 採購組
  • 2.5.7 校園規劃組
  • 2.5.8 經營管理組
  • 2.5.9 駐衛警察隊
  • 2.5.10 南大校區總務行政組
• 2.6 環安中心

• 2.7 研究發展處
  • 2.7.1 綜合企畫組
  • 2.7.2 計畫管理組
  • 2.7.3 研究倫理辦公室
  • 2.7.4 原子科學技術發展中心
  • 2.7.5 奈微與材料科技中心
  • 2.7.6 生物醫學科技研發中心
  • 2.7.7 電腦與通訊科技研發中心
  • 2.7.8 積體電路設計技術研發中心
  • 2.7.9 科技與社會研究中心
  • 2.7.10 光電研究中心
  • 2.7.11 清華/工研院聯合研發中心
  • 2.7.12 當代中國研究中心
  • 2.7.13 能源與環境研究中心
  • 2.7.14 腦科學研究中心
  • 2.7.15 貴重儀器使用中心
  • 2.7.16 人文社會研究中心
  • 2.7.17 科學儀器中心
  • 2.7.18 亞洲政策中心
  • 2.7.19 物理研究推動中心
  • 2.7.20 人工智慧研發中心
  • 2.7.21 前沿理論及計算研究中心
  • 2.7.22 運動科技中心
  • 2.7.23 智慧製造與循環經濟研究中心
  • 2.7.24 運動事業及政策中心
  • 2.7.25 科技考古與文物鑑定研究中心
  • 2.7.26 硼中子捕獲治療中心
  • 2.7.27 國防科技學研中心

• 2.8 國際產學營運總中心
  • 2.8.1 產學企畫組
  • 2.8.2 智財技轉組(技轉中心)
  • 2.8.3 行政組
  • 2.8.4 創新育成中心
• 2.9 全球事務處

• 2.10 校友服務及資源發展處
  • 2.10.1 校友中心(含南大校區校友服務)
  • 2.10.2 財務發展組

• 2.11 圖書館
• 2.12 計算機與通訊中心
  • 2.12.1 網路系統組
  • 2.12.2 校務資訊組
  • 2.12.3 學習科技組

• 2.13 師資培育中心
  • 2.13.1 特殊教育中心
  • 2.13.2 華德福教育中心
• 2.14 人事室
• 2.15 主計室

• 2.16 藝術文化總中心
  • 2.16.1 宏亮美術館
  • 2.16.2 捷英文物館
  • 2.16.3 君山音樂廳

• 4.1 研究發展處
  • 4.1.1 原子科學技術發展中心
  • 4.1.2 奈微與材料科技中心
  • 4.1.3 生物醫學科技研發中心
  • 4.1.4 電腦與通訊科技研發中心
  • 4.1.5 積體電路設計技術研發中心
  • 4.1.6 科技與社會研究中心
  • 4.1.7 光電研究中心
  • 4.1.8 清華/工研院聯合研發中心
  • 4.1.9 當代中國研究中心
  • 4.1.10 能源與環境研究中心
  • 4.1.11 腦科學研究中心
  • 4.1.12 貴重儀器使用中心
  • 4.1.13 人文社會研究中心
  • 4.1.14 科學儀器中心
  • 4.1.15 亞洲政策中心
  • 4.1.16 物理研究推動中心
  • 4.1.17 人工智慧研發中心
  • 4.1.18 前沿理論及計算研究中心
  • 4.1.19 運動科技中心
  • 4.1.20 智慧製造與循環經濟研究中心
  • 4.1.21 運動事業及政策中心
  • 4.1.22 科技考古與文物鑑定研究中心
  • 4.1.23 硼中子捕獲治療中心
  • 4.1.24 國防科技學研中心

• 4.2 師資培育中心
  • 4.2.1 雙語教學研究中心

• 4.3 原子科學院
  • 4.3.1 放射性廢棄物處置技術研發中心

• 4.4 生命科學暨醫學院
  • 4.4.1 生物資訊中心
  • 4.4.2 大體老師勸募中心

• 4.5 電機資訊學院
  • 4.5.1 音樂、科技與健康研究中心

• 4.6 科技管理學院
  • 4.6.1 科技政策研究中心
  • 4.6.2 技術創新與創業研究中心
  • 4.6.3 全球化經濟研究中心
  • 4.6.4 生物倫理與法律研究中心
  • 4.6.5 財務風險控管研究中心
  • 4.6.6 服務創新與分析研究中心
  • 4.6.7 社會企業研究中心
  • 4.6.8 安富金融工程研究中心
  • 4.6.9 區塊鏈法律與政策研究中心

• 4.7 竹師教育學院
  • 4.7.1 教育與心智科學研究中心
  • 4.7.2 K-12課程與師培研究發展中心

• 4.8 清華學院
  • 4.8.1 科技藝術研究中心
  • 4.8.2 區域創新中心
  • 4.8.3 人文社會AI應用與發展研究中心