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本校成立於民國前一年,校址為北平西郊的清華園,最初名稱為「清華學堂」。
民國三年冬天,梁啟超先生來校演講,引述易經中「天行健君子以自強不息,地勢坤君子以厚德載物」勉勵同學以君子自期,自此以後「自強不息,厚德載物」便成為清華的校訓。
民國十七年,本校校名正式定為國立清華大學。對日抗戰爆發後,遷校昆明,與北京大學、南開大學合組為西南聯合大學,勝利後復員北平。民國四十五年在梅貽琦校長主持下又在台灣新竹建校。
本校畢業校友活躍各界,尤其在學術界,前後共有三位諾貝爾獎得主及一位數學伍爾夫獎得主為清華校友,足見清華光榮的歷史傳統與優良的學風。
清華大學復校初期重點為原子科學,其後則擴展至理工方面,近十幾年來更積極發展人文社會、生命科學、電機資訊與科技管理;漸漸地,清華已成為一文、理、工均衡發展的學府。
民國105年11月1日起,國立清華大學與國立新竹教育大學合併為「國立清華大學」。原「國立新竹教育大學附設實驗國民小學」同時更名為「國立清華大學附設實驗國民小學」。