兩生綱無尾目台灣有5科29種。爬行綱龜鱉目(含外來種紅耳泥龜) 台灣有2科6種，有鱗目台灣有9科75 種。清華校園因水源豐富，水域類型多樣，故能在各種不同的水域環境中見到各種兩生綱動物。

• 無尾目

  
  清華校園的無尾目共有蟾蜍科、樹蟾科、 樹蛙科、狹口蛙科、赤蛙科等5科。蟾蜍科體型肥胖，台灣的蟾蜍科有盤古蟾蜍與黑眶蟾蜍2種。清華校園僅有黑眶蟾蜍1種。樹蟾科台灣及清華校園都僅有中國樹蟾1種。樹蛙科是樹棲性的蛙類，清華校園有台北樹蛙及白頷樹蛙2種。狹口蛙科為小型蛙類，清華校園僅小雨蛙1種。小雨蛙廣泛分布於清華校園，但因體型小，又常躲於草叢與落葉下，故不容易發現。赤蛙科台灣有11種，清華校園有長腳赤蛙、貢德氏赤蛙、澤蛙等3種。

• 龜鱉目

  
  龜鱉目出現於 2.2億年前的中生代三疊紀初期，當時的龜鱉目頭尾都無法縮 進龜甲內。現生的龜鱉目下分偏頭 亞目與縮頭亞目。偏頭亞目的頭部無法直接縮進龜甲內，只能偏頭入甲，台灣沒有偏頭亞目。清華校園的縮頭亞目有鱉科與澤龜科2科。清華校園水圳系統各湖泊都有鱉的蹤跡。清華校園的澤龜科有斑龜與紅耳泥龜2種。

• 蜥亞目

  
  蜥亞目動物台灣有5科30種，清華校園內常見的蜥亞目共有守宮科、飛蜥科、石龍子科、正蜥科4科8種。台產守宮科共10種，清華校園僅有蝎虎與無疣蝎虎2種。清華校園的蝎虎主要出現於宿舍與餐廳附近。無疣蝎虎則廣泛分布於學校 各地，無論餐廳、宿舍或樹林都能發現牠們的蹤跡，是校園內最容易見到的壁虎。飛蜥科是台產蜥亞目唯一不會自斷尾巴者。飛蜥科多為樹棲種類，身體左右側扁。台灣有5種， 清華校園僅有斯文豪氏攀蜥1種。石龍子科即俗稱之四腳蛇，喜於地面活動，是蜥亞目最繁盛的一族。清華校園有中國石龍子、麗紋石龍子、印度蜓蜥和台灣滑蜥4種。

• 蛇亞目

  
  蛇亞目台灣有4科45種，清華校園有盲蛇科、黃頷蛇科、蝙蝠蛇 、蝮蛇科 4 科 9 種。盲蛇科動物 全身呈圓柱形，鱗片平滑有光澤。