台灣原生種的青蛙有36種，其中14種是台灣特有種。為保育面臨生存危機的台灣原生蛙，本校生命科學系李家維教授推動台灣原生蛙的保種計畫，得到清華校友總會蔡進步理事長贊助，本校設立了國內大學第一所蛙房，盼成為保育台灣原生蛙的中繼站，目標是孕育出蝌蚪以回歸自然。第一期蛙房已落成，未來將建第二期蛙房，擴大青蛙保育規模。

• 莫氏樹蛙

  
  莫氏樹蛙(Rhacophorus moltrechti)
  為台灣最常見的綠色樹蛙，體長約4-6公分。其主要特徵為橘紅色虹膜、大腿內側為橘紅色及體側有黑色斑點。
  莫氏樹蛙分布範圍廣泛，是台灣的綠色樹蛙中唯一的非保育類。

• 褐氏樹蛙

  
  褐氏樹蛙(Buergeria robusta)
  屬於中大型樹蛙，體長約5-9公分。其主要特徵為眼睛大而突、虹膜內的T形淺色斑。
  褐氏樹蛙分布於全台中低海拔的山區，喜歡棲息在河川溪流周遭。

• 艾氏樹蛙

  
  艾氏樹蛙(Kurixalus eiffingeri)
  體色多變，體長約3-5公分。其主要特徵為四肢與腳掌連接處有突起白點。雄蛙有護卵行為，會留在竹筒或樹洞中確保卵的濕潤與安全。而雌蛙會以未受精的卵餵食蝌蚪。
  艾氏樹蛙分布於西部中低海拔山區，喜歡棲息於竹筒或樹洞內。

• 布氏樹蛙

  
  布氏樹蛙(Polypedates braueri)
  其上唇邊緣為白色故亦被稱為白頷樹蛙，體長約5-7公分。其與外來種斑腿樹蛙外觀極為相似，布氏樹大腿內側花紋蛙為黑色網紋，班腿樹蛙則為黑底白點。
  布氏樹蛙分布範圍廣泛，全台低海拔山區都有可能見到其蹤影，叫聲為清脆「噠、噠、噠」聲。

• 小雨蛙

  
  小雨蛙(Microhyla fissipes)
  為常見的小型蛙類，體長約2~3公分。其主要特徵為身體呈現三角形，背後有聖誕樹形狀的深 色花紋。
  小雨蛙全台皆有分布，有著與體型不符的大嗓門，但因善於隱蔽，很難見其蹤影。

• 黑蒙西氏小雨蛙

  
  黑蒙西氏小雨蛙(Microhyla heymonsi)
  為體型嬌小的狹口蛙科成員，體長約2~3公分。2008年前為保育類，現已降級為一般類。特徵上與小雨蛙外型相似，但黑蒙西氏小雨蛙背中線上有一對黑色小括弧。主要分布於台灣中南部等地。

• 拉都希氏赤蛙

  
  拉都希氏赤蛙(Hylarana latouchii)
  為台灣最常見的青蛙之一，體長約4~6公分。其只有內鳴囊，叫聲不洪亮，甚是有點像人鬧肚子的聲音，因此也被戲稱為「拉肚子吃西瓜」。
  拉都希氏赤蛙分布範圍遍及 全台平地與低海拔地區，適應力強。

• 斯文豪氏赤蛙

  
  斯文豪氏赤蛙Odorrana swinhoana)
  為大型蛙類，體長約6~10公分。其主要特徵為背部顏色多變，可能為綠色、褐色或兩色交錯，叫聲像鳥叫，為單聲「啾」。
  斯文豪氏赤蛙分布於全台中低海拔山區，在溪流邊較容易找到其蹤影。

• 澤蛙

  
  澤蛙(Fejervarya limnocharis)
  又稱為田蛙，體長約4~6公分。主要特徵為上下唇有深色縱紋相連，背上遍佈短棒狀皺褶，不一定有背中線。
  澤蛙為平地最常見的青蛙，棲息於農田、池塘等。

• 福建大頭蛙

  
  福建大頭蛙(Limnonectes fujianensis)
  體長約5~7公分是少數的雄蛙體型大於雌蛙的例子，且雄蛙有強烈領域性。
  福建大頭蛙分布於台灣西部低海拔山區，喜歡棲息於 溪澗或水溝裡，並躲藏於枯枝落葉下，只露出紅紅的瞳孔。

• 鈷藍箭毒蛙

  
  鈷藍箭毒蛙(Dendrobates azureus)
  體長約3-4公分。主要特徵為有著耀眼的鮮藍色外觀。日行性，毒性來自於食物，其在人工圈養環境下多餵食果蠅、蟋蟀，因此不會產生毒素。
  鈷藍箭毒蛙原產於南美洲蘇利南南端，溫暖多濕的熱帶雨林環境。

• 迷彩箭毒蛙

  
  迷彩箭毒蛙(Dendrobates auratus)
  體長約3~5公分。主要特徵為體色多為黑綠相間，但已發展出許多變異，每隻個體都有獨特的圖案。日行性，其毒性來自於食物，由於人工圈養環境下多餵食果蠅、蟋蟀，因此不會產生毒素。
  迷彩箭毒蛙原產於中美洲尼加拉瓜、哥斯大黎加、巴拿馬等地。棲息於林床上，有時亦可在樹上發現其蹤跡。

• 金黃箭毒蛙

  
  金黃箭毒蛙(Phyllobates terribilis)
  又名黃金箭毒蛙，體長約4~5公分。其所屬的Phyllobates（葉蛙屬）為箭毒蛙中最毒的一群。日行性，其毒性來自於食物，在人工圈養環境下多餵食果蠅、蟋蟀，因此不會產生毒素。
  金黃箭毒蛙原產於哥倫比亞西部，最佳棲息地點是有著高降雨量、海拔在100-200米內、氣溫至少26°C以及相對濕度為80-90%的雨林。