2016年QS亞洲大學排名於6月14日公布，本校在「師均論文發表數」、「論文每篇被引用數」高達99.5及97.5分，全台第一，此外，這項分數也代表全亞洲大學中，本校表現分別高於99.5%及97.5%的大學。

此次QS亞洲大學排名台灣共有18所大學入榜，本校在台灣各大學中排名第二，僅次於台大，在全亞洲排名第31名，與去年相同。特別的是，在「師均論文發表數 (papers per faculty, PPF) 」、「論文每篇被引用數(citations per paper, CPP)」以及「國際教師比例 (international faculty, IF)」這三個指標上領先台大。

本校潘犀靈研發長表示，清華平均每位教師表現全台最優秀，教師發表的論文都極具專業性，研究成果具國際影響力。從教師數來看，相較於新加坡國立大學有5330位教師、香港大學有2941位教師、台大有2802位教師，而清華僅有763位教師卻有這樣的優秀成果相當不容易。

他也表示，QS排名或泰晤士高等教育世界大學排名等皆出自商業機構，其大學排名系統主要針對的是學生及家長，提供他們選擇大學及研究所入學的參考，因此民眾及民意機關在看待這些排名時，應對此有所認識。當然，由於高等教育全球化的趨勢，為吸引全球優秀的學生就讀，各校對這類排名適度的重視。

本校教務長戴念華指出，從國際教師比例來看，由於清華這兩年與英國利物浦大學及印度理工學院馬德拉斯分校積極合作，這是兩校合作上實質的成效。除了更密切的合作，也希望能加深對學生的指導，深化研究。

2016年QS亞洲大學排名前10名依次為新加坡國立大學、香港大學、南洋理工大學、香港科技大學、大陸清華大學、韓國科學技術院、香港城市大學、香港中文大學、北京大學、首爾大學。日本東京大學13名、京都大學15名。

台灣今年有5所大學躋身前50，台灣大學排名第21名，清華大學第31名，交通大學38名，成功大學39名，台灣科技大學50名。

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