本校南校區生態區「奕亭」及「新南門」，已先後於元月20日及27日揭牌啟用，讓原本隱身於工程圍籬後、略顯人煙稀落的南校區，頓時大展寬廣視野，不僅有宏偉建築(台積館)、寬闊校園道路及萬坪青青草原，更有生態豐富的森林與濕地區，展現泱泱氣度與多元校園風情。

設立「奕亭」是沈君山校長12年前的心願，然因設置地點，一直未能獲共識，以致時程遷延。直至95年間，沈校長再度提起希望捐出在美國的退休金，以興建奕亭，經陳文村校長、校園規劃室李雄略主任與沈校長於96年6月敲定蓋在南校區，不料，沈校長卻於次月第三度中風，提議又再度告停，幸經劉炯朗前校長奔走募款，方始促成美事。陳文村校長致詞表示，他是由沈校長受聘回國任教，因此很欣慰能在即將卸任之際，完成沈校長的心願，也分外覺得有意義。

「奕亭」的題字，是依沈校長墨寶描刻而成。該亭子造形古樸簡雅，可作為戶外教室，足夠容納約30名學生，並相當適合對弈、談心等靜態活動。而周遭景觀，則依循1771年原始地形地貌設計，非常自然。其中天然湧泉屬碳酸冷泉，正好規劃成濕地生態區，水域四周有緩坡或陸地圍繞，安全無虞；陡峭的坡地則保留為森林區，生態已自然平衡，生物亦很多樣。尤其晨昏之際，優遊於木棧道間，不時傳來的蟲鳴鳥叫聲，對應白鷺自由翱翔其間，氛圍甚為幽靜，是散步與沉思的絕佳地點。

而「新南門」則是座落於寶山路與高翠路口，西接新竹市區，東則為進入新竹科學園區的主要道路，係於99年1月完工。秉持沉穩、均衡、實用及不過多設計的原則，新南門的主要設計元素為水平開展的校名景觀石牆、雙排無患子林蔭大道及由路型研究後配置的警衛亭；由於清大早期建物外牆均為白色，十分雋永，設計單位一方面希望承續清大建築的特色與傳統，一方面希望達到溶入周邊垂直線條的企圖，最終以室內外三向度弧線構成的白色警衛亭，以及運用黑灰石材的大氣校名牆，構成可親、可觀、可遊的校園入口。此外，鑑於新竹東北季風強勁，清華大學特別選擇合適的植栽樹種，以保持本路段四季不同的林蔭風情，輔以廣大草地形成入口自然開闊的景緻；期能藉由新南門短短八十公尺的路程設計，讓所有造訪清華的賓客，都能感受到清新舒適的校園氛圍。

清華是國內最重視校園景觀環境的大學之一，對於校園各階段規劃，總是不遺餘力，著眼於校園永續及生態的平衡，尤其從苗圃裡1500棵無患子樹中，挑選出46棵高帥挺拔的樹苗，移植到校園，成為清華大學後山南校門入口兩側的行道樹，搭配新設完成的校門與崗亭，將成為清大的新勝景。此外，南校區現有的萬坪青青草原，配合濕地區、奕亭等的設置，為校園增色不少，這不僅是清大人專屬好去處，當然亦歡迎所有市民造訪。