身為國內一流研究型大學，本校與中央研究院一向淵源甚深。除卻各領域研究計畫之相輔相成之外，本校更與中研院破天荒首度合作，共同開設國內外學程的大學。

今年10月21日（星期六），中研院新任翁啟惠院長蒞臨本校，與陳文村校長、張石麟副校長、葉銘泉副校長、王茂駿秘書長、陳文華顧問、廖俊臣顧問、朱國瑞院士、陳力俊院士及黃一農院士等，共同研討中央研究院與本校更進一步合作的相關事宜，本校為翁院長就任後首先參訪的大學。當天由張石麟副校長針對本校所推動「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」的整體規劃向翁院長請益，並研討本校未來發展方向。

目前中研院與本校合辦之學程，分為國內和國際研究生兩個部分，其中國內研究生之學程始於92學年度，國際研究生學程之設置更早在91學年度便已實施，迄今已邁向第五年。國內學生部分共設有中國研究、近世中國與多元化、結構生物、生物資訊以及南島語言等五大學程；國外學生部分，計有化學生物學與分子生物物理學、分子動力學與光譜學（94學年度後更名為分子科學與技術）、生物資訊學、奈米科學與技術、計算語言學與中文語言處理等學程。

此項學程之施行，不但整合了本校與中研院各有所長的豐富資源，更是造福國內外學生，帶來許多難得的學習機會。