104年4月7日本校校務會議，通過組織規程修改，首創以校為名的學院-「清華學院」。清華學院組織，除含括共同教育委員會現有單位；亦納入語言中心及寫作中心，加強大學部中英語文教育；同時融入肩負住宿教育的「住宿書院」；以及大一不分系（清華學院學士班），統籌延後分流學生及跨領域的學習輔導。

賀陳弘校長認為，「大學部全人教育」是培育一流人才、領導人才的核心過程，通識、專業、社團、住宿應四項並重，就像車之四輪、馬之四蹄，缺一不可。強化通識課程、深化住宿教育、提高語文能力、提昇服務學習、鍛鍊健朗體魄，是清華教育努力的重點。「清華學院」本此理念，整合通識、專業、社團、住宿，成為大學部全校性教育的平台，是清華大學面對國際與社會變遷，本於教育理想的再出發，是大中華兩岸三地所首創。

周懷樸副校長表示，有別於傳統專業學院、學碩博縱向教育架構，「清華學院」橫向串聯通識、語文、體育、藝術、住宿教育等執行全校性教育的各單位，結合課堂學習、校園活動、服務學習、社會體驗，擴大學習場域、豐富學習內容，促成多元、彈性、跨域的學習環境及模式，不但有利同學適性發展，更可激發同學主動學習意願及創新思維，帶來校園活潑的學習氣象，打造具有國際競爭力與社會關懷的清華君子。

為了有效配置資源，清華學院院長將由副校長兼任，設置執行副院長，減少行政流程及執行界面；同時，為了讓教務與學務的資源能更有效發揮，教務長及學務長同時兼任清華學院的副院長。

一直以來，本校在高教領域不斷引領風潮，民國78年率先成立「通識教育中心」，後續亦首創多個教學單位，包括生命科學院、共同教育委員會、科技管理學院等；並開風氣之先，提倡住宿教育，97年起陸續設立厚德、載物、天下等住宿書院。在招生上也打破藩籬，95年率先採取「院系並行招生」跨領域入學、96年全國首創「繁星計畫」平衡城鄉、101年提出旭日計畫，幫助逆境向上的社經弱勢子弟；今(104)年再強化適性選才、實施拾穗計畫。

「創新、進步！」清華學院的成立，是全方位整合大學部教育、奠定了里程碑，是台灣高教的創舉！院長周懷樸教授期許，清華學院的教育使所有清華大學生，無論何種專業，都完整具備面臨未來挑戰所需的知能、充分發揮個人潛力，未來清華學院與時俱進，將與百年耶魯、哈佛、哥倫比亞等學院齊名。